Em 26 de Dezembro de 1799, cento e quarenta moradores da região dirigiram ao Governador Sebastião Xavier da Veiga Cabral da Câmara, uma petição requerendo a concessão do rincão para erigir a capela e fundar a povoação. A permissão foi concebida em 10 de Janeiro de 1800, era lançada a pedra fundamental da Capela Nossa Senhora da Conceição. Em torno desta capela ergueram-se casas quase que imediatamente, e logo florescia uma povoação de tamanho considerável e bem organizada.
Tais foram os méritos, que a capela curada era em doze anos elevada á categoria de freguesia. Tal se deu por Carta Régia do príncipe regente D. Pedro, assinada a 31 de janeiro de 1812, sendo a décima sétima freguesia da capitania. Havia então, no Rio Grande do Sul, apenas quatro municípios, sendo que a freguesia de Canguçu fazia parte da de Rio Grande, passando somente em 1830 a de Piratini, do que se constituiu distrito.
O povoado canguçuense cresceu com a pecuária até que em 1830 inicia-se a agricultura. Palco da guerra dos farrapos, suas terras novamente sofreram com as batalhas sangrentas.
Em 1857 foi elevado à município, desmembrando-se de Piratini, tornando-se a Vila Canguçu. Em 1938 foi elevada à Cidade. No inicio do século XX a agricultura passou a ser sua principal fonte de renda, superando a pecuária, recebendo inclusive imigrantes alemãs e italianos.